Stopped by timeout error

1. Если у вас несколько баз данных, и вы переключаете их при использование, необходимо сделать рестарт программы после каждого такого переключения.

2. Увеличить значение таймаута в файле ColoringTool.config
< Timeout >3< /Timeout>
< CommandTimeout>600< /CommandTimeout>
Для примера, измените значение 600 на 6000

3. Также стоит оптимизировать Postgre.
Для этого необходимо остановить сервис Postgre (в меню пуск, Postgre, Stop Server), далее находим файл x:\Program Files (x86)\PostgreSQL\8.3\data\postgresql.conf (для другой версии PostgreSQL путь будет похожим), и в нем находим значение "shared_buffers".

Стоит установить значение в 1\4 оперативной памяти, как минимум 512MB
Выглядеть все будет так: shared_buffers = 512MB

После этого запускаем сервис Postgre снова (или делаем рестарт ПК)